L’église de Courtois est placée sous le vocable de Saint Arthème, archevêque de Sens à la fin du VIe siècle, également patron de la commune. Ce prélat, vénéré très tôt comme saint après son décès subvenu en 609, est surtout connu pour sa rencontre avec un assassin en quête de pardon nommé Baldus, le futur Saint-Bond.
La légende de Saint-Bond et l’église de Courtois
La légende raconte que l’espagnol Baldus, parti en pénitence à travers l’Europe après avoir tué –par inadvertance– son père et sa mère, avait fini sa course fugitive dans la Cathédrale de Sens, où il se jeta aux pieds d’Arthème pour implorer son pardon. Celui-ci le releva et lui ordonna de planter au sommet d’une colline surplombant l’Yonne un bâton de bois mort et de l’arroser quotidiennement en descendant puiser de l’eau à la rivière. Ainsi, lorsque le bois sec aura refait feuilles et fruits, le pardon divin lui sera accordé. Après sept longues années d’une vie d’ascète et suivant rigoureusement ce conseil avisé, Baldus fut sauvé et plus tard, canonisé ! Ainsi naquit l’Ermitage Saint-Bond sur la proche commune de Paron.

Cette rencontre entre Saint-Arthème et Saint-Bond est aujourd’hui immortalisée sur un vitrail de l’église de Courtois, dessiné par Jean Rouif et réalisé entre 1992 et 1995 par deux maîtres verriers auxerrois, messieurs Defert et Gilhodez.
Durant la période troublée des Guerres de Religions, les villages sénonais eûrent à subir de nombreux pillages, dûs en partie à leur proximité avec le château Vallery, possession de Louis de Bourbon, Prince de Condé, chef de l’armée protestante.
C’est dans ce cadre qu’en 1567, Courtois fut mis à sac par une troupe de mercenaires allemands, détruisant au passage une partie du prieuré et de l’église de Courtois.

Parmi les fragments de vitraux du XVIe siècle ayant survécu aux iconoclastes, on peut apercevoir une partie de la légende de Saint Hubert –patron des chasseurs– et un Saint-Christophe portant le Christ sur ses épaules.
La présence de ce saint est à mettre en relation avec les nombreux passeurs qui faisaient traverser la rivière d’Yonne au niveau de Courtois jusqu’au XIXe siècle.
La ville pendant la Première Guerre mondiale
Comme de nombreuses communes de la région, Courtois-sur-Yonne a été profondément marquée par la Première Guerre mondiale. Plusieurs habitants furent mobilisés au front, et le village a longtemps porté le souvenir de ces hommes partis défendre la France, dont les noms figurent encore aujourd’hui sur le monument aux morts. Cette période a bouleversé la vie locale, avec une pénurie de main-d’œuvre et une inquiétude permanente des familles.
La ligne Paris – Lyon via Courtois
L’arrivée du chemin de fer a joué un rôle déterminant dans l’essor du village, notamment avec la Gare de Courtois-sur-Yonne, qui a facilité les déplacements des habitants et le transport des marchandises sur le tracé Paris-Lyon. Grâce au train, les productions agricoles ont pu être acheminées plus facilement vers les villes voisines, ouvrant Courtois-sur-Yonne sur le reste de la région.
Courtois a toujours été marqué par une activité agricole importante, reflet de son paysage rural et de son histoire. Les vignerons cultivaient les coteaux environnants, perpétuant un savoir-faire transmis de génération en génération. Jusqu’à la crise du phylloxéra –maladie propagée par un insecte– à la fin du XIXe siècle.
